Sie ist Teil des HRE Konzerns, der sich seit Oktober 2009 vollständig im Besitz der Bundesrepublik Deutschland befindet. Die Bank ist an rund einem Dutzend nationalen und internationalen Standorten vertreten, Unternehmenssitz ist München.
Die Deutsche Pfandbriefbank AG ist im Juni 2009 durch die Verschmelzung der beiden Pfandbriefbanken Hypo Real Estate Bank AG und DEPFA Deutsche Pfandbriefbank AG und anschließende Umfirmierung entstanden. Dem vorausgegangen war im November 2008 der Zusammenschluss der beiden Immobilien-banken im HRE-Konzern, der Hypo Real Estate Bank International AG und der Hypo Real Estate Bank AG.
Der HRE-Konzern selbst entstand im September 2003 aus der Abspaltung von Teilen des gewerblichen Immobilienfinanzierungsgeschäfts der damaligen HVB Group.
Im Oktober 2007 übernahm die HRE Holding die irische DEPFA Bank plc samt ihrer Tochtergesellschaften, unter anderem die DEPFA Deutsche Pfandbriefbank AG.